СТРУКТУРА МАКРОЦИКЛИЧЕСКОГО К +, Rb+КОМПЛЕКСОНА МЕ30-ВАЛИНОМИЦИНА-МОНОГИДРАТА, cy c lo [ -(ö -V a l-H y i-V a l-ß -H y i)3 - ]-H 20 , В КРИСТАЛЛИЧЕСКОМ КОМПЛЕКСЕ С ДИОКСАНОМ ПО ДАННЫМ РЕНТГЕНОСТРУКТУРНОГО АНАЛИЗА

Читать онлайн: 
Текст статьи: 

БИООР ГА Н И Ч Е С К А Я ХИМИЯ
Том 18 * № б * 1992
УДК 577.112.6.088.52
© 1992 г. D.3. Плетнев, И. И. Цыганник,
Ю.Д. Фопсьрев, В. Т. Иванов, Д. А. Лэнге*,
П. Грохулъекий*, В. Л. Дюже*
Институт биоорганической химии им. М. М. Шемякина РАН, Москва;
* Медицинский центр Буффало; Буффало, Нью-Йорк, 14203—1196, США
Прямыми рентгеновскими методами установлена кристаллическая структура ва-
диномицинового аналога cyclof-CÖ-Val-Hyi-Val-D-Hyi^-HCeoH^NsOis), кристаллизующегося
с молекулами диоксана и йоды. Найденная конформация молекулы аналогична
ранее установленной для свободного -кезо-валиномнцина, кристаллизующегося
из других органических растворителей. Она характеризуется центросимметрцч-
ной браслетной формой, стабилизированной шестью внутримолекулярными ведород-
иыми связями типа 4-^-1 между амидными N—Н- и С=0-группами. Одна молекула
воды асимметрично фиксируется за счет водородных связей во внутренней отрицательно
заряженной полости комплексона. Молекулярные «браслеты» ,кезо-валиноми-
чина располагаются в кристалле стопкой попеременно с молекулами дноксана.
Широкие исследования пространственной структуры и структурнофункциональных
отношений макроциклических комплексов валиномици-
нового ряда (см. [2] и цитированные там работы) вызваны способностью
отдельных его представителей избирательно транспортировать ионы щелочных
металлов через биологические мембраны [3—5]. Объект настоящего
исследования — лезо-валиномицин, cyclo [-(D-Val-Hyi-Val-D-Hyi) 3-],
относится к синтетическим аналогам калиевого ионофора валиномиципа и
характеризуется исключительно высокой константой связывания ионов
К+ и Rb+, которые в ряде растворителей выше, чем у природного объекта
[6].
Ранее прямыми рентгеновскими методами были установлены пространственные
структуры свободного лезо-валиномицина в кристаллах, выращенных
из смеси диметилформамид — петролейный эфир [7] и из изопропилового
спирта [8]. В настоящей работе приведены результаты структурного
исследования этого соединения в комплексе с компонентами кристаллизационного
раствора — молекулами диоксана и воды. На данном
примере представляло интерес не только установить полную пространственную
структуру кристаллического комплекса, но и получить на структурном
уровне информацию о возможной конкурирующей роли воды по отношению
к ионам металлов при комплексообразовании.
Координаты атомов С, N и О лгезо-валиномицина, диоксана и воды
приведены в табл. 1. Вследствие значительной дезориентации положение
атомов молекулы диоксана было определено наименее точно.
Обозначения аминокислотных остатков соответствуют рекомендациям номенклатурной
комиссии ШРАС — IUB [1]; для остатков /,-ряда конфигурационный символ
опущен.
794
Таблица А
Координаты* (Х 1 0 \ в долях ячейки) и эквивалентные изотропные тепловые
параметры (Х10, в А2) атомов О, К, С .чезо-валиномицина в комплексе
с диоксаном и водой
В скобках даны стандартные отклонения
Атом х/о. y /Ь г/с
C (l) -3452(10) -507(9) -2599(9) 115(5)
С(1А) -3344(8) 396(7) -2943(8) 121(5)
С(1В) -4019(10) 1140(11) -2715(11) 176(9)
С ( 1G1 ) -5471(10) 531(10) -3162(12) 193(9)
C(1G2) -3923(11) 1933(10) -3179(12) 185(9)
С (2) -3512(8) -2920(7) -3 308(6) 99(4)
С(2А) -4447 (8) -2 3 4 2 (8 ) -3 178(6) 115(5)
С(2В) -5 938(9) -3139(10) -4015(12) 149(7)
С (2G Î -6867(12) -2663(13) -3826(14) 222(11)
C(2G2) -6299(10) -3553(9) -5214(12) 173(7)
С(3) -6 1 0 (1 0 ) -2 764(9) -2766(8) 128(6)
С (ЗА) -1922(10) -3 150(7) -3 871(7) 122(5)
С(ЗВ) -17.36(10) -3 0 9 1 (8 ) -4791(10) 135(7)
C(3G1) -8 19(12) -3750(10) -4947(9) 174(8)
C(3G2) -3041(12) -.3509(9) -5884(8) 158(7)
с (4) 58(11) -.3160(6) -4 8 0 (8 ) 110(5)
С(4А) 592(8) -3 161(7) -1268(8) 121(5)
С(4В) 1310(13) -3982(14) -1337(9) 163(8)
С (4G1 ) 2036(13) -376 1 (1 3 ) -1967(13) 210(10)
C(4G2) 416(17) -5102(13) -1903(10) 191(9)
С (5) -1390(9) -2210(9) 662(9) 117(6)
С (5 А) -1734(7) -3398(8) -1 4 8 (7 ) 116(5)
С(5В) -3215(10) -4026(13) -854(10) 176(8)
C,(5G1) -3768(10) -3982(13) -5 6 (1 2 ) 211(10)
C(5G2) -3336(14) —5200 (13) -1508(12) 225(10)
С (6) 1410(8) -3 1 7 (8 ) 3028(8) 102(5)
С{6А) -1 0 2 (7 ) -8 3 9 (6 ) 2588(7) 106(4)
С(6В) -2 5 5 (9 ) -9 2 9 (7 ) 3530(9) 127(6)
C(6G1) -1716(11) -1301(11) 3149(12) 194(9)
C(6G2) 412(10) -1 544(8) 4036(8) 142(6)
N (1) -19 3 6 (6 ) 912(4) -2 550(5) 101(3)
N(3) -28 0 7 (6 ) -2 591(5) -3698(5) 103(3)
N(5) -12 3 9 (7 ) -3 3 9 6 (4 ) -886(5) 105(3)
0 (1 ) -27 0 8 (7 ) -4 1 4 (5 ) -1688(6) 144(4)
0(2) -3 4 8 9 (5 ) -3 677(5) -3056(4) 121(3)
0 (3 ) 211 (8) -1 889(7) -2330(8) 208(6)
0 (4 ) 904(5) -2905(4) 521(5) 128(3)
0(5) -1738(11) -1 561(8) 363(7) 218(7)
0 (6 )
0 4 2 )
1969(5) 595(4) 3792(5) 116(3)
-4 3 2 5 (5 ) -1449(5) -3433(4) 108(3)
0 '(4 )
0 '(6 )
-5 1 4 (5 ) -3 4 5 2 (5 ) -2356(4) 114(3)
-5 7 8 (5 ) -1 9 8 7 (4)
Диоксан
1698(5) 108(3)
0 (1D I0 ) j 6391 529 586 408(11)
C(2DI0i 1 5803 -6 1 8 107 411(11)
C(3DI0) 5568 1039
Вода
868 430(15)
0 (1 W) -5 9 (2 4 ) -839(19) -381(21) 265(8}
* Координаты приведены для независимой по симметрии (см. «Экспер. часть») половши*!
молекулы, В скобках s каждого идентификатора атома указан номер остатка и символ положения
атома: обозначения: А а, В — ¡3, G — V, ШО — диоксан, W - вода. Коэффициент м .
полиенип положения W равен 0,5.
i )
ш
О С
Рис. 1. Скелетное изображение пространственной структуры мезо-вали-
номицина; Н-связи показаны штриховыми линиями; цифры над линиями
- длины связей (А)
Рис. 2. Стереоизображение пространственной структуры мезо-валиноми-
цина с молекулой воды (\У) в связывающей полости. Цифры - номера
остатков
Скелетное и стереоскопическое изображение молекулярной структуры
дано на рис. 1 и 2. Валентные связи и углы в структуре лезо-валиномици-
на имеют типичные для депсипептидов значения (см. (9] и цитированные
там работы). Структура центросимметрична, имеется также псевдоось
симметрии третьего порядка. Амидные группы образуют шесть приблизительно
равноценных внутримолекулярных водородных связей N11. . . ОС
типа 4-^1 (см. рис. 1). Замкнутые водородными связями 10-членные циклы
формируют конденсированную браслетную систему, аналогичную найденной
как для свободного лезо-валиномицина в кристалле [7, 8], так и
для свободного валиномицина (сус1о[-(О-Уа1-Ьас-Уа1-1)-Ну05-]) в неполярных
растворителях и для его комплексов с ионами щелочных металлов
в различных растворах и в кристалле (см., например, [10—12]).
Ш
Рис. 3. Расположение сложноэфирных карбонильных О-атомов во внутренней
полости лезо-валиномицина. Штриховыми линиями выделен независимый
по симметрии связывающий воду (W) «кислородный» тетраэдр.
Цифрами показаны геометрические размеры (А)
Ход основной цепи имеет замкнутую синусоидальную форму с шестью
экстремальными точками (тремя максимумами и тремя минимумами), в которых
расположены сложноэфирные О-атомы. В средней части синусоидальной
кривой, приблизительно в одной плоскости, размещены шесть
N-атомов. Изопропильные боковые группы остатков Val и Hyi образуют
гидрофобную периферию браслета. Их связи С“— имеют ориентацию
промежуточную между аксиальной и экваториальной по отношению к
псевдооси симметрии.
Карбонилы шести сложноэфирных групп ориентированы по направлению
к оси симметрии. Их О-атомы размещены в вершинах октаэдра, параметры
которого показаны на рис. 3, и образуют внутреннюю слегка вытянутую
отрицательно заряженную полость.
В полости из 12 возможных «кислородных» тетраэдров (включая шесть
симметрично независимых) только два тетраэдра, связанных кристаллографической
симметрией, характеризуются минимальными отклонениями
от идеальной геометрии. В каждом из них расстояние между тетраэдрическим
центром и соответствующими четырьмя вершинами близки к 3 А
(см. рис. 3). Именно эти два центра являются предпочтительными местами
локализации молекул воды (см. рис. 2, 3). Однако слишком короткое
расстояние (2,25 А) между центрами создает стерическое препятствие
для их одновременного заполнения.
Из полученных структурных данных следует, что лишь одна молекула
воды способна проникнуть во внутреннюю полость комплексона и занять
там асимметричное положение в одном из двух возможных центров связывания,
где она фиксируется прежде всего за счет водородных связей
с О-атомами сложноэфирных карбонилов. Относительно небольшое расстояние
(3,3 А) между отрицательно заряженным О-атомом воды и поло
жительно заряженным N(5) (или N(11) в случае альтернативного центра)
атомом комплексона создает условия для дополнительного взаимодействия.
Это хорошо коррелирует с относительным увеличением (приблизительно
на 0,07 А) длины соответствующей внутримолекулярной
797
Таблица 2
Конформационныс углы (град) пространственной структуры :не,зо-нал и номицина
% 1,1
Х( (0 .
П-Уа! (¿=1, 5, 9) ¿-Ну! (1 — 2, 6, 10)
66,6 -125,9 178,0 179,5 -90,5 -4 ,5 -178,0 -65,5
76,0 -116,6 ■177.5 -177,2 -109,5 2,3 177,7 -7 2 ,3
80,4 -105,3 173,3 177.8 -115,3 0,8 -179,7 -7 0 ,9
¿-Уа1 (1=3, 7, 11) £>-Г1у1 (¿ = 4. 8, 12)
-8 0 ,4 ^ 105,3 -173,3 -177,8 115,3 -0 ,8 179,7 70,9
-66,6 125,9 -178,0 -179.5 90,5 4,5 178,0 65,5
-7 6 ,0 116,6 -177.5 177,2 109,5 -2 .3 -177,7 72,3
водородной связи N (5) — Н . . . О (2) =С (Лт (11) —Н . . . О (8) =С ). При этом
в каждом из выделенных тетраэдров имеется возможность для реализации
нескольких (около 6) энергетически неэквивалентных ориентаций
воды. По геометрическим критериям наиболее заселенная ориентация,
по-видимому, отвечает положению, при котором вода образует водород*
ные связи с атомами 0 (5 ) и 0 (7 ) (или 0 (1 ) и 0(11) в случае симметрично
связанного тетраэдра^; оно характеризуется наиболее оптимальными
параметрами: ¿(0(5) . . ,'\У)=2,87 А, /(0 (7 )“. . Л/У) =3,0 А, < ( 0 ( 5 ) ...
.. ЛУ . . . О (7)) =106°, < ( 0 ( 7 ) . . . . . . N(5)) ==113°. Более того, па разностной
карте электронной плотности между положениями 0 ( \¥ ) и
0 (5 ) проявился слабый пик (0,25е), по всем параметрам (¿(О (1\У) —Н) =
=0,81 А, /(0 (5 ) ...Н )= 2 ,1 9 А) отвечающий положению атома Н, участ
вующего в водородном связывании. Это может служить дополнительным
косвенным подтверждением повышенной предпочтительности данной ориентации.
В целом связывание воды в молекулярной полости ионофоров вали-
номицинового ряда энергетически менее предпочтительно, чем связывание
соответствующих катионов металлов, В зоне биомембраны последние,
проникая в полость комплексона и вытесняя воду из тетраэдрического
окружения, фиксируются в центре отвечающего по размерам кислородного
октаэдра, вовлекая в стабилизирующее взаимодействие все шесть
сложноэфирных карбонилов комплексона [11, 12]. Основной же движущей
силой высвобождения ионов вне мембраны является смена карбонильных
лигандов в координационной сфере катиона на сольватную оболочку
из молекул воды. При этом дополнительное связывание воды во внутренней
полости ионофора (по аналогии, например, с моненсином [13]), по-
видимому, обеспечивает тонкую энергетическую регулировку обратимого
процесса образования и распада специфических катионных комплексов.
Найденное конформационное состояние мезо-валиномицина в кристаллическом
комплексе, полученном из раствора в диоксане, оказалось близким
к состояниям свободного комплексона, кристаллы которого были выращены
из смеси диметилформамид — петролейный эфир [7] и изопропилового
спирта [8]. Распределение конформационных ср, г|;-углов (табл. 2)
сопоставимых остатков в сравниваемых структурах отвечает одному и
тому же набору локальных минимумов на конформационных картах изолированных
остатков. При этом максимальное различие конформационных
параметров достигает 16° лишь в случае одного угла <рг(ф8).
Совмещение методами наименьших квадратов основных и боковых цепей
(1), а также отдельно основных цепей (2) и отдельно сложноэфир-
пых карбонильных кислородов (3) из кристаллически независимых ча-
798
Рис. 4. Упаковка комплекса ,незо-валиномицпна с диоксаном в кристаллической
ячейке в проекции вдоль оси Ь
етей (1/2 молекулы, см. «Экспериментальную часть») исследуемой структуры
и структуры, кристаллизующейся из смеси диметилформамид —
петролейный эфир, дало величины среднеквадратичных отклонений
атомов 0,19, 0,16 и 0,33 А соответственно, причем во всех случаях максимальное
отклонение испытывает карбонильный атом 0 (7 ) (и симметричнозависимый
0 (1 )) : 0,60, 0,59 и 0,45 А соответственно. Здесь несомненно
сказывается влияние взаимодействия с внутримолекулярной молекулой
воды. Концевые атомы боковых радикалов также обнаруживают заметные
отклонения, достигающие для атомов C(2G1) и C(2G2) максимальных
величин 0,38 и 0,35 А соответственно.
Упаковка исследуемого комплекса и кристаллической ячейке в проекции
вдоль оси Ь показана на рис. 4. Водородные связи между молекулами
жезо-валиномицина в кристалле отсутствуют. Мезо-валиномкциновые
«браслеты» располагаются стопкой попеременно с молекулами диоксана
параллельно кристаллографической оси а. При этом вдоль молекулярной
нсевдооси симметрии 3-го порядка формируется цилиндрический канал,
внутренняя полость которого выстлана кислородами сложноэфирных карбонилов.
Каждая молекула диоксана, размещаясь в канале, образует с
карбонильными О-атомами четыре (по два с обеих сторон) относительно
коротких контакта на расстояниях 3,3—3,4 А.
Экспериментальная пасть
Кристаллы cyclo[-(Z)-Val-Hyi-Val-D-Hyi)3-) С^ШОа-НоО были выращены
в форме пластин размерами 0,45X0,15X0,07 мм из раствора в диоксане
с примесью воды. В кристаллической решетке на каждую молекулу циклического
додекадепсипептида, характеризующейся брутто-формулой
C60H102NeO18, приходится одна молекула диоксана и одна молекула воды.
Полученные кристаллы имели следующие кристаллографические характеристики:
пространственная группа Pi, V=1937,13 A3, Z= 1 (1/2 молекулы
на асимметричную часть ячейки), а 11,854, b 13,995, с 14,765 А,
а 109,499, р 116,110, f 98,908°; рТСор 1,12 г/см3, F„оо 702.
Сбор экспериментальных данных проводился на четырехкружном дифрактометре
РЗ (Nicolet, США) при 18° С (излучение СиЛГа, графитовый
монохроматор). Интенсивности отражений измерялись в режиме со-ска*
пирования до величины 20 = 100° (4245 независимых рефлексов). В зависимости
от области сканирования общее число точек измерения на профиле
рефлекса варьировалось от 60 до 90 (угловой интервал между точками
0,02°). Через каждые 24 ч съемки измерялись шесть контрольных
рефлексов.
Была проведена коррекция отражений на факторы Лорентца и поляризации,
а также введены поправки на поглощение [14] и радиационное
поражение кристалла.
Расшифровка исследуемого кристаллического комплекса проведена с
использованием в качестве стартовой модели 72-атомного фрагмента (без-
GG-атомов) структуры свободного «иезо-валиномицина, закристаллизованного
в той же пространственной группе с близкими параметрами ячейки
из смеси диметилформамид — петролейный эфир [7]. По системе программ
прямых методов QTAN/RANTAN [15, 16] для 700 наибольших Е> 1,2
(11 700 фазовых триплетов) по тангенс-формуле было проведено 10 циклов
уточнения 10 серий наборов случайным образом сгенерированных фаз,
из которых 160 стартовых были рассчитаны по атомам выбранной модели.
В ^-синтезе, вычисленном по уточненному набору фаз с оценками
NQEST=—0,207, 7?=0,33, проявились 82 из 84 неводородных атомов мезо-
валиномицина. В последующих синтезах и разностных синтезах Фурье
удалось локализовать положения остальных независимых неводородных
атомов и положение молекулы воды с коэффициентом заполнения 0,5.
Стереохимически оптимальные положения атомов водорода были определены
теоретическим путем.
Молекула диоксана (компонент раствора, из которого были выращены
кристаллы) проявилась на разностном синтезе в виде достаточно диффузной
кольцевой плотности, что указывало на значительную дезориентацию
ее положения. Как следствие, кристаллографическое уточнение атомных
параметров молекулы диоксана приводило к сильному искажению
ее геометрии. Поэтому положения соответствующих атомов были зафиксированы
на графической станции (Evance and Sutherland, США) путем
оптимального вписывания в электронную плотность высокоточной молекулярной
модели диоксана с известной по данным рентгеновского анализа
структурой [17].
Уточнение полной структуры комплекса по параметрам неводородных
атомов .мезо-валиномицина и воды в приближении анизотропных тепловых
колебаний и с учетом вкладов от фиксированных атомов водорода и
молекулы диоксана проводилось методом наименьших квадратов по полноматричной
схеме. Величины изотропных тепловых факторов атомов водорода
были фиксированы на 1,0 А2 выше, чем у атомов, с которыми они
«вязаны. Используемый в уточнении экспериментальный набор включал
в себя 3324 рефлекса с F>2oF. На завершающих этапах 126 рефлексов
были исключены из уточнения по критерию cj)f AF>10 (шг — весовой фактор),
что положительно сказалось на улучшении геометрии лезо-валино-
мицина, главным образом боковых цепей, характеризующихся повышенной
вращательной и колебательной подвижностью (см. величины Веч,
800
т а б л . 1 ) . П о д о б н ы й п р и ем н е о д н о к р а т н о д ем о н с т р и р о в а л свою эф ф е к т и в н
о с т ь в п л а н е у л у чш е н и я г е о м е т р и ч е с к и х п а р ам е т р о в у т о ч н я ем о й с т р у к т
у р ы (см ., н а п р и м е р , [ 1 8 ] ) . С т р у к т у р а и с с л е д у ем о г о м о л е к у л я р н о г о
к о м п л е к с а п о с л е п о с л е д н е г о ц и к л а у т о ч н е н и я х а р а к т е р и з о в а л а с ь в е л и ч и н
ам и м и н и м и зи р у ем о г о ф у н к ц и о н а л а P = S Q R T [2 ( ( A F / o p Y / i n —т ) ) ] —
=3,46 (г д е п — ч и с л о р е ф л е к с о в , т — ч и с л о п е р е м е н н ы х ) , с т а н д а р т н о г о
ф а к т о р а р а с х о д и м о с т и / ? = 0 ,1 1 9 и в з в еш е н н о г о ф а к т о р а Д и,.= 0 ,1 1 5 .
СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ.
1. IUPAC-IUB Commission on Biochemistry N omen c la tu re / / Eur. Biochem. 1984.
V. 138. P. 9 -3 7 .
2. Pl etnev V. I. , Mikhailova I. У a., Ivanov V. Т., Langs D. A., Crochulski P., Daax
W. ¿ .//B io p o lym e rs . 1991. V. 31. № 4. P. 409-415.
3. Овчинников 10. А., Иванов В. Т., Шкроб А. М. Мембранно-активные комплексоны.
М.: Наука, 1974. 463 с.
4. Dobler М. Ionophorcs and th e ir Structures. N. Y.: J. Wiley and Sons, 1981. 379 p.
5. Ovchinnikov Yu. A., Ivanov V. T. The Proteins. V. 5. N. Y.: Acad. Press, 1982,
P. 307-642.
6. Иванов В. Т., Санасарян А. А., Червин И. И., Яковлев Г. И., Фокина Л. А., Се-
нявина Л. В., Сычев С. В., Виноградова Е. И., Овчинников Ю. /1 ,//И зв . АН СССР,
Сер. хим. 1974. № 10. С. 2310-2319.
7. Pl etnev V. Z., Galitskii N. М., Ivanov V. Т., Ovchinnikov Yu. А. // BiopoJymers.
1979. V. 18. № 9. P. 2145-2166.
8. Васильев А. Д., Шибанова Т. А., Андрианов В. И., Симонов В. И., Санасарян А. А.,
Иванов В. Т., Овчинников Ю. А. // Биоорган, химия. 1978. Т. 4. № 9. С. 1157 —
1163.
9. Плетнев В. 3., Галицкий Н. М., Туркин Н. Г., Тарнопольский Б. Л., Евстра-
тов А. В. // Биооргаи. химия. 1977. Т. 3. № 7. С. 869-878.
10. Bystrov V. F., Gavrilov Yu. D., Ivanov V. Т., Ovchinnikov Yu. А.Ц Eur. T. Biochem.
1977. V. 78. № 1. P. 63-82.
11. Hamilton 1. A., Sabesan M. N., Steinrauf L. К.Ц J. Amer. Chem. Soc. 1981. V. 103.
№ 19. P. 5880-5885.
12. Steinrauf L. К Hamilton J. A., Sabesan M. N . j j . I. Amer. Chem. Soc, 1982. V. 104.
№ 15. P. 4085-4091.
13. Lut z W. K., Wink ler F. K., Dunitz J. D. ЦTlelv. cliim. act,a. 1971. V. 54i № 4L
P. 1103-1108.
14. North А. С. Т., Phillips D. C., Mathews F. S. / / Acta crystallogr. 1968. V. A24. P a rt 3.
P. 351-359.
15. Langs D. A., De Titta G. Т.Ц Acta crystallogr. 1975. V. A31. P a rt 3S. P. 16.
16. Jia-xing Y . f l Acta crystallogr. 1981. V. A37. P a rt 5. P. 642-644.
17. Buschmann J., Muller E., Luger P. Ц Ac.ta crystallogr, 1986. V. C42. P a rt 7. P. 8 7 3 -
876.
18. Pletnev V. Z., Galitskii N. М., Smith G. D., Weeks С. М., Duax W. L. Ц Biopolymers.
1980. V. 19. № 8. P. 1517-1534.
Поступила в редакцию
17.XI1.1991
V . z . P L E T N E V , I N . T S Y G A N N I K , Y u D . F O N A R E V , V . T . I V A N O V ,
D . A . L A N G S * , P . G R O C H U I j S K I * , W . L . D U A X »
S T R U C T U R E O F M A C R O C Y C L I C K+, R b + C O M P L E X O N MEZO■
V A L I N O M Y C I N - M O N O H Y D R A T E , cyclo [ - (D-Val-Hyi-Val-2>-Hyi) j II .O,
IN C R Y S T A L C O M P L E X W I T H D I O X A N E R E V E A L E D B Y X - R A Y D A T A
M. M. Shemyakin Institute of Bioorganic Chemistry, Russian Academy of Sciences,
Moscow;
*Medical Foundation of Buffalo, Buffalo, N . Y , 14203—1196, USA
The crystal structure of a valinomycin analogue, cyelo[-(B-Val-Hyi-Val-D-Hyi)3- ] ^
X(C60H ,02N6O18) crystalized with dioxane and water molecules, has been solved by X-ray
direct methods. The conformation found is analogous to one established for free mesovalinomycin
crystalized from other organic solvents. It is characterized by a ceptrosymmetric
bracelet form, stabilized by six in tramolecular 4->-l type hydrogen bonds between,
amide N--H and C = 0 groups. One water molecule is fixed asymmetrically by hydrogen
bonds in the in te rn a l negatively charged cavity of the complexon. The «eso-valinomycia
molecule «bracelets» in the crystal form stacks alternatively with dioxane molecules.
801

Комментировать